2004年，是刘士余央行生涯的一个转折点，在这一年他担任央行党委委员、行长助理。他此后长期主管金融稳定工作，对包括证券公司和信托公司在内的危机进行综合治理。2006年，刘士余担任央行副行长，同时也担任银行改革领导小组副组长。业内人士称，在央行期间，他参与推动了银行间债券市场的建立，扩大了我国直接融资市场的大规模发展。债券市场和股票市场一样，成为资本市场发展的重要组成部分。
2014年10月，刘士余调任中国农业银行党委书记。
证监会主席任上的一紧一松
在2016年1月16日召开的全国证券期货监管工作会议上，时任证监会主席肖钢在讲话中坦诚地说，股市的异常波动充分反映了我国股市不成熟，不成熟的交易者、不完备的交易制度、不完善的市场体系、不适应的监管制度等，也充分暴露了证监会监管有漏洞、监管不适应、监管不得力等问题。就在这次会议召开不久前的1月8日，证监会刚刚同意暂停实施指数熔断机制。
所谓熔断机制，是指股指波动幅度到达规定的界限时，证券交易所为控制风险采取的暂停交易措施。2015年6月，中国股市出现异常波动， A股沪市仅用了两个月便从5178点下跌至2850点，下跌幅度高达约45%，熔断机制开始酝酿出台。但从后来的两次实际熔断的情况来看，并没有达到预期效果，反而起到了一定的“助跌效应”，因此熔断机制在2016年1月8日被迅速叫停。
正是在这样的背景下，2016年2月，刘士余正式调任证监会主席。这被外界普遍看作是临危受命。也正因如此，刘士余在上任之初就开始大力整肃市场，打击股市乱象，给人留下“强监管”的印象。解决新股发行堰塞湖、严格退市新规、加强上市公司一线监管、优化并购重组等措施，得到了大多数证券从业者的认同。
不过，他的“强监管”也被一些业内人士认为用力过猛。从2016年到2018年，证监会作出处罚的案件分别为183件、224件、310件，罚没款金额分别为42.83亿元、74.79亿元、106.41亿元。仅仅从数据上就能看出，刘士余任内的处罚力度在持续加大。
在此期间，刘士余频频语出惊人。2016年底，刘士余发表了著名的“妖精论”：“我希望资产管理人，不当奢淫无度的土豪、不做兴风作浪的妖精、不做坑民害民的害人精。”2017年，在全国证券期货监管工作会议上，刘士余再次语出惊人：“资本市场不允许大鳄呼风唤雨，对散户扒皮吸血，要有计划地把一批资本大鳄逮回来。”
不少业内人士分析，由于行政手段干预市场过多，一线监管过于严格，导致正常交易都没有钱赚，这扼杀了资本市场的活力。从2016年3月1日到2019年1月25日，刘士余担任证监会主席期间，沪指从2688.38点下跌至2601.72点，跌幅3.21%。
与之相反，首次公开募股（IPO）的大开闸，是刘士余在任内给人留下的另一深刻印象。将近3年的时间里，证监会审批新股共711只，退市7家公司。
涉案原因有待公布
在南京，《环球人物》记者在同当地一些银行和证券从业者交谈时，发现他们普遍关注到一个现象：在刘士余任职证监会主席期间，江苏企业IPO的速度明显加快，2016年IPO的速度还排在广东和浙江之后，到了2018年就超越了广东和浙江，成为当年A股IPO上市数量第一的省份。这或许是身为江苏籍的刘士余涉案的原因之一。
在刘士余任内，证监会审批的新股中，江苏的新股116只，在全国范围内的占比变化最大。如果进一步细分，江苏多家金融机构的扎堆上市，更加引人关注。其中，江苏银行、常熟银行、苏农银行、江阴银行、张家港行、无锡银行、紫金银行，均在刘士余任内上市。截至目前，A股共有32家上市银行，来自江苏的有8家，在所有省市中占比最高。在刘士余主动投案后，有不少媒体向这些江苏的银行求证和刘士余的关联，大多数银行均回复称，未受到刘士余的任何照顾。
关于刘士余涉案的另一种说法，是他和南京银行素有“债市一姐”之称的戴娟被带走调查一事有关。今年2月19日，南京银行资产管理业务中心总经理戴娟被曝失联，次日南京银行发布公告称，戴娟同另外两名公司管理人员因个人原因，不能正常履职。此后，南京银行又以“戴娟等人并非上市公司高管，目前还达不到信息披露的标准”为由，拒绝披露深层原因。据媒体披露，戴娟于2月15日被南京市纪委带走协助调查。
据悉，戴娟从上世纪90年代开始进入方兴未艾的中国债市，是首批银行间市场的债券交易者，无论从资历还是从知名度上来看，均可称得上南京银行的“债市一姐”。值得注意的是，刘士余在央行任职期间，是建立银行间债券市场的主要参与推动者之一。业内人士称，刘士余与戴娟关系密切，戴娟被带走后，可能说出了一些刘士余的涉案线索。
