当年12月11日，警方找到黄某做第二次笔录。警方问：林青华7月15日到22日上午这一个星期时间是否都在和你一起玩？黄某：这一个星期都在我这里玩，有时也在这里住。
“案发时间是7月14日到7月15日凌晨，这个时间点林青华是否有在黄某处，这个最核心的问题竟然没有问？”林青华代理律师周伟督接受澎湃新闻采访时表示，至今对警方的两次取证的问法不解。
1997年1月7日，福清市检察院以“事实不清、证据不足”为由，作出了不批准逮捕林青华的决定。3天后，林青华获释。
获释第二天，公安机关认定林青华“从前吸过毒”，将其送往强制戒毒所。半个多月后，林青华又因上述抢劫案被获取保候审。
之后，林青华曾到多家医院就诊。福清市公安局法医门诊病历显示，林青华的手腕等处有创口疤。福清市医院报告单显示，林青华一只手的第二掌骨中段骨折，骨折两断段有大量骨痂形成。
林青华虽然获得自由之身，但其抢劫杀人的供述已经在村里传开，被害人一家不断控告，让他很难在村中立足，他带着妻子携女儿离开苍霞村来到福州市区贩卖海鲜。
之后的两年，林青华一家过上了相对平静的日子。这份平静在1998年12月17日被打破。
林青华妻子（现已离婚）林碧英告诉澎湃新闻，当天晚上，两人收摊后带着5岁的女儿入睡。警察持枪围住了他们租住的房子，带走了林青华。林碧英一边哭一边追着问为什么，有个民警停下来告诉她，“还是两年前那个抢劫案。”
10天后，林青华被福清市检察院批准逮捕。
周伟督对比福清市公安局1996年和1998年两次提请批准逮捕书发现，并没有任何新证据。他认为，命案久拖不决，势必对办案机关造成压力。
福州中院两次判处死刑，福建高院两度发回重审
1999年6月21日，福州市检察院以抢劫罪对林青华起诉。
一审法院最终认定，案发当晚，林青华用黑色猴帽蒙面，携带钢筋、来福枪等工具，窜至某村民家，用钢筋撬开木门，欲窃取电视机时，被女主人发现，林青华随即放下电视机，劫取其金项链1条、金手镯1只，并在欲离开卧室时，朝其家人开了3枪，造成1人死亡、1人重伤。
2000年3月29日，福建省高院开庭审理此案。罕见的是，法院当庭作出裁定认为：林青华虽然案发当晚去向不明，被害人也指认其犯罪，但认定，“林青华持枪入室抢劫的证据间无法形成锁链”，作案工具和赃款均未提取到案；公安提取的物证来源不明；证人吴洪弟推翻原证言否认借枪给林青华；凶器枪支来源不明；林青华虽然做过有罪供述，但出现反复。本案事实不清，证据不足，撤销原判，发回重审。
接近福建法院系统的知情人士程坤（化名）对林青华案曾做过细致了解。他向澎湃新闻表示，除了林青华的供述存在反复，经法院调查，其他证人证言也存在诸多问题。
比如，在侦查阶段自称借枪给林青华的同村男子吴洪弟。福州中院第一次开庭的前一天，吴洪弟曾出具证言，表示自己之前的供述是被“屈打成招”。吴洪弟表示，自己没有来福枪，更不存在借枪一说。2019年，澎湃新闻回访吴洪弟老家，多名村民表示吴已过世。
程坤表示，案件在二审期间，林碧英曾向省高院反映，公安机关对其调查有误，家中并没有什么猴帽，而笔录中称家里有猴帽。“1996年，我家女儿才四岁，怎么会买黑色的猴帽给她戴？”
2019年5月，澎湃新闻电话联系林碧英时，她同样做了上述表述。她表示，当时并没有看笔录，就直接签字，想不到笔录内容是这样。过去这些年，她和女儿相依为命，对女儿来说，父亲被指是杀人犯对孩子产生了巨大了影响，“总觉得抬不起头。”
对于现场指纹，程坤也存在质疑。根据卷宗材料，警方已对现场指纹拍照，也提取了众多指纹，为什么没有一枚指纹作为证据提交给法院？据熟悉该案的知情人士介绍，福建省高院曾在2000年向侦查人员进行询问，有公安负责人称，虽然现场有指纹，但灰尘多，无法提取；询问还问到，既然无法提取现场指纹，为何还要花费如此大精力对全村中青年男子进行指纹取证？一名公安负责人称，是为了威慑犯罪分子。
案件被发回重审后，2000年6月13日，福州中院再次判处林青华死刑。
但福建省高院经审理后，第二次发回重审。
