昆华医院肛肠科术前出具的邓琅杰病情评估表显示，在“一般”“病重”“病危”3个评估等级中，邓琅杰属于一般病人；手术风险评估表则显示，邓琅杰是正常患者，除局部病变外，无系统疾病，手术可在3小时内完成。
邓琅杰被推进手术室的时间，为4月24日14:30分，谢坚是主刀医生，许绍军是助手。14时50分左右，医生出来告知告诉家属，邓琅杰因体重问题，又打了3针局麻。邓恩来说，加的这3针麻醉，家属未提前签字。
邓琅杰出手术室的时间为15时15分前后，邓恩来说，儿子被推出手术室时，“谢坚跟我说，琅杰的爸爸，手术挺顺利的，很快就能康复了。”他称，当时谢坚提到，邓琅杰太胖了，一定要配合治疗。
此时的邓琅杰是清醒的，但他告诉父亲，其疼痛感比较强。邓琅杰坐在轮椅上，家属把他推到了住院床位：1号住院楼4楼肛肠科43床（相关病历上记录为304号床）。16时零几分，邓琅杰说冷，然后开始发抖、抽搐。代兴艳说，她喊谢坚医生过来看，“他说这没什么问题，是术后的正常反应。”谢坚打了一针镇静剂。
邓恩来说，抽搐症状出现后不到20分钟，邓琅杰就昏迷了，医生抢救了两个半小时，仍不见好转。邓恩来强烈要求将儿子转到急诊ICU，他告诉红星新闻，从4月24日晚起的连续数天时间里，医院不断地下病危通知书，当时院方也很着急，“他们说邓琅杰随时可能不行了。眼看要失去儿子，我就跟医生说，一定要把孩子救回来。”邓琅杰在昏迷期间，刚刚度过17岁生日，邓恩来不愿就这样失去儿子。
此后邓恩来按院方要求购买自费药注射用人免疫球蛋白，用量每天10支，600元/支；外加两支白蛋白，390元/支 。5月7日晚间，邓琅杰有了眨眼的反应，次日上午，邓琅杰醒了。
5月12日是邓琅杰17周岁生日，代兴艳称，当时她对儿子说，要不买个生日蛋糕吧，“但他摇头，意思是插着管子也吃不了。”
邓恩来这下觉得儿子得救了，至少从表面看，在接下来的几天时间里，邓琅杰的生命体征“越来越好”。邓恩来跟邓琅杰交流，邓琅杰会点头，会眨眼，还会握手。
昆华医院曾请省内外医院专家为邓琅杰会诊，广州医科大学附属第一医院感染内科专家5月14日的会诊记录显示：该患者病期分三个阶段，肛周脓肿、手术后发生休克、休克抢救期下呼吸继发院内感染；同时提到，患者既往可能存在基础疾病（入院时查出尿蛋白++，原因不明）。
朱森林专家会诊诊断意见
5月15日，中山大学附属第一医院消化内科主任朱森林、内科ICU科主曾勉两位专家对邓琅杰进行了会诊，其中曾勉的诊断有“先暂不拔管”之描述。
曾勉专家会诊，要求“先不拔管”。
急诊ICU的主治医生是陈国兵。邓恩来称，5月19日，陈国兵找到他说，因邓琅杰的体征比较稳定，想给邓琅杰拔管，以减少肺部感染，“我相信医生，就签字同意了。”
邓恩来看到，拔管后，邓琅杰还是不能说话，“医生跟我说，没事，孩子有一个适应的过程。”20日上午，邓琅杰能说话，但吐字模糊，呼吸有些急促，“医生说没问题，继续观察。”
患者死后医院仍在收费，急诊ICU称“确实存在问题”
医生陈国兵因上了一个通宵的夜班，中午便下班了。5月20日16时，邓恩来看到邓琅杰呼吸更加急促，脸色异常难看，值班医生立刻打电话给陈国兵，陈国兵紧急赶回，再次给邓琅杰上呼吸机。邓恩来说，此后邓琅杰一天比一天严重。5月27日上午9时58分，邓琅杰死亡。
院方出具的一份《病故通知四联单》显示，邓琅杰的死亡诊断有8项，分别为：1、脓毒性休克；2、鲍曼不动杆菌败血症；3、肺炎克雷柏杆菌败血症；4、多脏器功能衰竭（急性肝衰竭，急性肾衰竭，凝血功能紊乱）；5、肺部感染；6、肛周脓肿术后；7、肛瘘；8、室上性心动过速。
邓琅杰病故通知四联单。
邓恩来认为，儿子邓琅杰的死，可能是术前检查不充分、麻醉药使用错误、拔管等一连串事故造成，“后来我问医院为何要拔管，这时医生的解释又变了，说是让我和儿子做最后的交流。”
