合成生物目前处于快速发展阶段，但还是面临着技术、生物安全、监管政策等多方面的挑战。王浩猛分析，在技术方面，从实验室研究到工业化生产，合成生物需要解决大规模生产的一致性和成本问题。同时，需要建立标准化的生物元件和流程，确保产品的稳定性和质量。在生物安全方面，工程化生物体可能在自然环境中扩散，导致不可预见的生态影响。在政策方面，现有的法规可能无法完全适应合成生物产业的快速发展，需要更新和完善。此外，合成生物产业发展具有全球影响，需要国际间的合作和协调，制定统一的监管框架和标准。
无法高效提高产能也是制约合成生物产业发展的一大因素，如果不能实现降本增效的目的，生物合成产品将很难冲击通过成熟传统产业链生产的产品。点石资本创始合伙人任重表示，倘若无成本优势，合成生物概念很难持续推进，特别是需要达到一定产能才能“降本”的合成生物概念公司，其前期可能需要较多的固定资产投资，这就失去了一定的竞争优势。因此，成本控制也很关键。
不过，随着AI技术发展、政策加持、学术推进，合成生物产业发展也迎来多重利好。王浩猛认为，一方面，在全球倡导ESG投资以及国内“双碳”战略的背景下，使用可再生原料是大势所趋，而合成生物正是实现生物质能源高效利用的理想手段之一；另一方面，融易新媒体消息，AI技术蓬勃发展，基因测序、基因合成、基因编辑技术快速升级迭代，在成本下降趋势下，全球合成生物技术研发有望取得持续突破，而丰富的商业化运用场景，打开了合成生物产业的市场空间。同时，政策利好也为合成生物的研发应用带来契机。我国“十四五”规划明确将合成生物学列为重点方向，带来了产业机会。
业内人士表示，合成生物有可能带来新一轮投资风向，但也存在一定的泡沫风险。关键在于技术的实际应用和商业化进程是否能满足市场预期。如果技术能够继续成熟，并在多个领域实现广泛应用，那么这一领域确实有望带来巨大的经济回报。但是，如果市场对技术的实际应用前景过于乐观，忽视了潜在的技术和商业化挑战，则可能形成泡沫。
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